合肥市疾病预防控制中心是根据卫生部关于卫生监督体制改革意见及安徽省有关卫生监督和防病体制改革的精神，在原合肥市卫生防疫站基础上，经合肥市机构编制委员会批准，于2003年3月20日组建的政府实施疾病预防控制与公共卫生技术管理和卫生监测检验技术服务的公益事业单位，是集疾病预防与控制，卫生检测与评价，健康教育与促进，业务培训、指导与技术咨询服务为一体的新型疾病预防控制机构。
合肥市编委核定中心岗位数105人，编外可聘数48人。2011年9月合肥市行政区划调整后由原地级巢湖市疾控中心转入28人（在编）。合计编制数133人。
截至2012年6月26日，中心现有职工171人（编内126人、编外45人），各级各类专业技术人员150人，占职工总数的87.72%。专业技术人员中有正高职称9人、副高职称15人、中级职称67人、初级职称41人；有博士2人、硕士27人、本科学历75人、大专学历34人。
中心现拥有工作用房13600多平方米，其中实验用房6000平方米。实验室早在1991年即通过了省质量技术监督部门实验资质认定（计量认证），并于2005年通过了中国合格评定国家认可委员会的认可。拥有高效液相色谱仪、气相色谱仪、原子吸收分光光度计、全自动荧光酶标免疫分析仪、紫外可见分光光度计、荧光显微镜、全自动血细胞分析仪、全自动细菌鉴定仪、超纯水处理器、生物安全柜、生化培养箱、千级套百级超净工作台等一系列高精仪器设备。可直接承接食品、化妆品、水、生物材料、空气、土壤等样品的各类检测任务，并向社会提供各类相关产品的理化检测、微生物检测结果及技术咨询和技术服务。中心为了发挥现有设备的功能，还依法成立了“迪普欣司法鉴定所”，独立对社会承接毒物和微量物证的鉴定。 2003年后，疾病预防控制工作得到政府的高度重视，无论是政策还是经费都得到了前所未有的支持，短短5年，中心添置的实验仪器达1000多万，2003年能开展检验项目125项，仅达到卫生部规定的地市级疾病预防控制机构检验能力基本标准的60%，推荐标准一项都达不到。而2007年能开展检验项目172项，基本标准达到82%，推荐标准达到29% 。工作用车从2003年的2辆，增加到8辆。
中心将科研和人才培养融入单位的发展战略，实现两者的共同进步、协调发展。中心制定了人才培养规划，学科带头人管理规定，科研成果奖励办法等制度，在单位内部大力营造尊重劳动、尊重知识、尊重人才、尊重创造的氛围，从而使单位学术活力竞相迸发，科研成果不断涌现。 近几年加大人才培养力度和科研的投入，已承接市级重点科研课题7项，获得科研资助资金近40万元。获得市科技进步二等奖一项、三等奖二项。五年来中心共投入科研资金126万元。中心拥有省级重点学科一个、重点实验室一个，市级重点学科一个。学科带头人五名。
中心在加大检验能力的同时，加大了应急能力建设，训练了一支近50人的现场流行病学队伍，两人考入中国现场流行病学培训项目（CFETP），脱产学习两年，已有一人毕业，成为应急工作的骨干。每年均处理几十起突发公共卫生事件，16支应急小分队24小时待命。
合肥市疾病预防控制中心成立五年来，综合能力得到了很大的提高，在2007年省卫生厅组织的全省市级疾病预防控制机构能力评审中获总分第一。
2020年12月，合肥市疾病预防控制中心党委被授予“安徽省抗击新冠肺炎疫情先进集体”荣誉称号。